Τα αρχεία δεδομένων πτήσης είναι η ηλεκτρονική μνήμη του αεροσκάφους. Αποθηκεύουν πληροφορίες για τη γεωγραφία, την κατάσταση του αέρα και πιθανές απειλές σε διάφορες περιοχές του πλανήτη όπου αναμένεται η χρήση του F-35. Μάλιστα, όλες οι πληροφορίες «ανεβαίνουν» στις βάσεις δεδομένων, οι οποίες, κατά τη λειτουργία του αεροσκάφους, θα βοηθήσουν στην εκπλήρωση της κύριας αποστολής, δηλ. διευκολύνει τον πιλότο. Αυτές οι πληροφορίες δεν είναι δημόσια διαθέσιμες, καθώς χαρακτηρίζονται ως «άκρως απόρρητες». Η ενημέρωση των πληροφοριών που περιέχονται στα δεδομένα πτήσης του αεροσκάφους γίνεται από το εργαστήριο επαναπρογραμματισμού στην αεροπορική βάση Eglin στη Φλόριντα. Όταν ανακαλύπτονται νέες απειλές ή οι πιο πρόσφατες όπλα, το οποίο μπορεί να λειτουργήσει περαιτέρω με αυτό το αεροσκάφος, καθώς και άλλα δεδομένα που μπορούν να επηρεάσουν τη λειτουργία του αεροσκάφους, οι πληροφορίες περιλαμβάνονται αμέσως στο νέο πακέτο δεδομένων πτήσης και, στη συνέχεια, ολόκληρο το πακέτο εγγράφεται στη μνήμη του μηχανήματος. Η χρήση διαφόρων όπλων, η χρήση αισθητήρων αεροσκαφών κ.λπ. και τα λοιπά. - όλα αυτά είναι γραμμένα στα πακέτα δεδομένων πτήσης.
Σήμερα, η Πολεμική Αεροπορία των ΗΠΑ χρησιμοποιεί αρχεία πτήσης συμβατά με την τελευταία έκδοση του ενσωματωμένου λογισμικού F-35 Block 3F και εργάζεται σε ένα πακέτο λογισμικού για την έκδοση Block 4. Αυτά τα πακέτα σχετίζονται κυρίως με τη χρήση διαφόρων τύπων όπλα στα F-35, συμπεριλαμβανομένων εκείνων που κατασκευάζονται από άλλες χώρες που ανήκουν στο ΝΑΤΟ.